La vancomicina non è il farmaco ideale per la profilassi dell’endocardite, in quanto, per motivi farmacocinetici, raggiunge una concentrazione ematica efficace tardivamente, rispetto ad altri antibiotici. Gli interventi per cui è consigliata una profilassi sono quelli in cui è possibile una fuoriuscita di sangue a seguito di manovre su cavità in cui sono presenti naturalmente dei batteri. Ad esempio interventi odontojatarici (anche la pulizia dei denti), interventi sul sistema gastroenterico (non la gastroscopia, ma la biopsia) richiedono profilassi. In altri casi (ad es interventi sul sistema nervoso) la profilassi non è richiesta. Non esistono test preventivi di allergia; anche perché un soggetto può sensibilizzarsi ad una sostanza cui prima non era allergico. Sarebbe utile fare un ecocardiogramma per vedere le caratteristiche anatomiche della Sua valvola mitrale. La profilassi è richiesta non in caso di insufficienza lieve (che si ritrova in circa il 60% della popolazione), ma in caso di alterazioni (tipo prolasso, esiti di reumatismo) della valvola.