Pazienti con epatite autoimmune possono contemporaneamente avere delle caratteristiche tipiche di infezione virale, cirrosi biliare primitiva, colangite sclerosante primitiva; in questi casi, misti, si parla di sindrome di overlap. La contemporanea presenza di queste caratteristiche ha fatto ipotizzare su relazioni causali tra le varie malattie e dibattere sul modo migliore di trattare queste forme complicate. Ad esempio la somministrazione di interferone per le forme a causa virale, può fare incrementare la risposta immune per cui può aggravare il decorso delle forme autoimmuni con associata infezione virale. Similmente, la terapia cortisonica delle forme autoimmuni può essere inefficace nelle forme con predominanti caratteristiche virali. Aumentandone la carica virale. Per trattare con successo le sindromi da overlap è quindi necessario identificare quale sia il disordine predominante e quindi trattarlo con il regime terapeutico più appropriato. Queste sindromi da overlap sono viste in una percentuale intorno al 18% dei pazienti con epatite autoimmune e dovrebbero essere prese in considerazionein tutti i pazienti che sono recalcitranti ai regimi cortisonici convenzionali.