La cistite post-coitale è dovuta al passaggio nelle basse vie urinarie di batteri intestinali. Questa è inequivocabilmente legata al seppur modesto trauma del rapporto penetrativo, il passaggio dei batteri è perlopiù per via ascendente lungo l'uretra quando questi colonizzano l'area ano-genitale. L'igiene locale c'entra molto poco. la presenza di batetri aggressivi è invece legata ad una funzione intestinale non ottimale, con alterato equilibrio della flora batterica residente (microbiòta). Il trattmento antibiotico è vano, oiché può risolvere temporaneamente la fase acuta, ma al tempo stesso condiziona ulteriormente la flora batterica, facilitando di fatto le recidive. Il provvedimeno più saggio è invece rivolgere il massimo delle attenzioni all'intestino, senza improvvisare, ma consultando un gastro-enterologo ed un nutrizionista. Le intolleranze alimentari sono infatti oggigiorno estremamente frequenti.