Salve,
la Sua domanda è molto articolata ma anche confusa. Mi preme prima di tutto ricordarLe che il corpo umano in quanto sistema organizzato che risponde ad un equilibrio omeostatico non funziona mai in ragione di "On/Off". Molti dei meccanismi da Lei descritti avvengono contemporaneamente, eccezion fatta per il meccanismo di regolazione insulina/glucagone, che tendenzialmente esclude l'un l'altro. Tendenzialmente significa che non abbiamo mai una concentrazione dello 0% di glucagone e del 100% di insulina o viceversa.
Premesso ciò, passo a risponderLe nel dettaglio.
Per quanto riguarda glucagone e cortisolo, entrambi hanno effetti CATABOLICI, pertanto a livello del tessuto adiposo si prelevarno acidi grassi per utilizzarli nella beta ossidazione, per produrre energia. Il glucagone, oltre agli effetti sul tessuto adiposo(generico, non localizzato), scinde anche le riserve di glicogeno presenti nel muscolo per utilizzarle come energia.
"Il muscolo" non viene utilizzato in senso stretto come da lei descritto, vengono utilizzate le riserve adipose in esso contenute (FFA muscolari) e il glicogeno in esso contenuto. Ma dipende dallo stimolo: se si parla di attività fisica o di stress.
Per la seconda parte: il glucagone come detto è un ormone CATABOLICO, non trasforma quindi il grasso in glicogeno bensì in acidi grassi liberi. L'insulina viene rilasciata a seguito di pasti per favorire l'assorbimento dello stesso, ed è un ormone pertanto ANABOLICO. E' proprio l'insulina a rimpinguare le riserve di glicogeno del nostro corpo.
Spero di essere stato chiaro. Ho utilizzato alcuni termini scientifici avendo notato il suo linguaggio appropriato, se qualcosa non Le è chiaro mi scriva pure.
Saluti cordiali.