Non si conoscono le cause per cui circa un quarto dei pazienti HCV positivi con genotipo 3 non risponde alla terapia. E' probabile che entrino in gioco fattori genetici e/o di concomitanza di condizioni che riducono la probabilità di risposta quali l'obesità, malattie dismetaboliche (steatosi epatica), iperinsulinemia.