L'incidenza delle complicanze dei SEF, pur essendo molto bassa, dipende dai diversi meccanismi e luoghi d’origine delle aritmie, così come dalla presenza di particolari patologie (cardiopatia, scompenso cardiaco, arteriopatia, coagulopatia, etc.).
Le complicanze che si possono verificare con maggiore frequenza sono: Danneggiamento dei vasi attraverso i quali sono introdotti i cateteri (ematoma, tromboflebite, trombosi venosa profonda, fistola artero-venosa, dissezione arteriosa). Queste complicanze sono di solito curabili con terapia medica e riposo a letto e solo raramente richiedono trasfusioni o interventi chirurgici.