Una comunicazione interatriale può essere causa di embolia cerebrale per “coaguli” provenienti dal sistema venoso (che in assenza della comunicazione interatriale si fermerebbero a livello del circolo polmonare con effetti per lo più meno impegnativi, se piccoli). Va naturalmente escluso che vi siano problemi a livello dei vasi del collo, in particolare le carotidi, che di per sé possano dare problemi cerebrali (eseguendo un eco-doppler dei tronchi sovraortici). Inoltre va considerato se vi sono alterazioni venose (trombosi venose) da cui partano emboli che possono passare al cervello attraverso la comunicazione interartriale e valutare bene le dimensioni di tale comunicazione che, se effettivamente sufficientemente grande per creare problemi, potrebbe essere chiusa chirurgicamente.