La differenza tra i due tipi di esame consiste nel fatto che HCV-RNA qualitativo ha una maggiore sensibilità, cioè riesce ad evidenziare quantità di virus inferiori rispetto ad HCV-RNA quantitativo. Pertanto se il primo esame risulta negativo è inutile che si sottoponga al secondo. L’importanza di eseguire il test quantitativo è limitata all’inizio della terapia con interferone, dove assume il valore di un fattore prognostico di risposta alla terapia stessa, e durante i primi mesi di terapia, in cui il rilievo di una diminuzione della carica virale al di sotto di 3 logaritmi permette di identificare precocemente coloro che hanno maggiori probabilità di rispondere alla terapia in maniera sostenuta.