La risonanza magnetica normalmente non è indagine atta a studiare l'intestino; in realtà viene utilizzata come metodica di II livello per lo studio delle anse intestinali (RM intestinale appunto) in casi particolari quali le malattie croniche infiammatorie intestinali, dopo una valutazione clinica ed ecografica, utilizzando sequenze e preparazione del paziente specifiche.