Valori elevati di GGT possono indicare che qualcosa non va a livello del fegato o dei dotti biliari. Tuttavia un semplice aumento della GGT non permette al medico di discriminare tra una malattia e l’altra; per questo motivo l’uso del GGT è controverso e le linee guida dell’Associazione americana per lo studio delle malattie epatiche non lo raccomandano come esame di routine. Un aumento della GGT può spesso essere indice di abuso di alcol o di alcuni farmaci, tra cui gli antinfiammatori non steroidei (FANS), certi antidepressivi, alcuni antibiotici, antistaminici e ormoni come il testosterone. In questi casi non si riscontrano alterazioni degli altri enzimi epatici. Quando la fosfatasi alcalina è aumentata, se anche il GGT lo è, allora si può sospettare una disfunzione epatica o biliare. Da notare che il fumo da sigaretta può far aumentare GGT.