La proteina S è un fattore anticoagulante endogeno. Una sua carenza determina quindi uno stato di ipercoagulabilità che può causare fenomeni di trombosi vascolare. In questo caso si devono usare farmaci anticoagulanti. Si tratta comunque di una condizione in cui diagnosi e trattamento devono avvenire in ambienti particolarmente specializzati (Centri per le malattie della coagulazione, all’interno di Centri Ematologici).