Se non vi è una intolleranza particolare gli antibiotici andrebbero assunti, preferibilmente, a stomaco vuoto e l'importante è osservare l'intervallo tra le somministrazioni (es. ogni 12 ore).
L'indicazione per quanto riguarda gli inibitori di pompa (IPP) utilizzati per l'eradicazione dell'Helicobacter pilorii è quella di assumerne due dosi al giorno insieme agli antibiotici.