L’intervento di apicectomia presenta la comuni complicanze di qualsiasi intervento di chirurgia orale ambulatoriale: tumefazione della parte operata, presenza di edema ed ecchimosi sulla parte cutanea (per lo stiramento della guancia/labbro durante l’intervento), leggero rialzo febbrile. Tutte queste complicanze sono reversibili e variabili da soggetto a soggetto. Complicanze di tipo neurologico (parestesia) si possono avere solo in corrispondenza dell’arcata inferiore a partire dai premolari, per la vicinanza con il nervo che decorre all’interno della mandibola. Si tratta di un rischio da valutare con le radiografie e, in genere, regredisce – se si verifica – dopo 6-9 mesi.