La caffeina ha un effetto eccitante sull'apparato gastroenterico, aumentandone la motilità e aumentando quindi l'intensità e la frequenza delle coliche gastrointestinali dolorose ed inoltre aumenta la secrezione acida gastrica con possibile aggravamento di disturbi dovuti all'iperacidità e al reflusso gastroesofageo. Per questo è consigliabile, quando si è affetti da disturbi gastroenterici, assumere caffè decaffeinato al posto del caffè normale.