L'esigenza di ingrandire gli oggetti era sentita in maniera forte fin nell'antichità. A questo scopo venivano utilizzati degli oggetti rudimentali, ad esempio il quarzo, i cristalli, addirittura delle bocce piene d'acqua.
Alla fine del Cinquecento, tanto Della Porta quanto Keplero, avevano a disposizione nozioni sufficienti per poter costruire un oggetto che ingrandisse tutto ciò che c'era intorno; ma per trovare il primo microscopio della storia della scienza bisogna aspettare la fine del XVI secolo.
Infatti in una bottega di fabbricanti di lenti in Olanda nel 1590 fu costruito il primo microscopio sul modello del telescopio. Quest'ultimo riscuoteva maggiore successo, poiché permetteva uno studio migliore e più approfondito dell'astronomia, una scienza che era enormemente seguita e che aveva dato adito a dispute sui movimenti degli astri.
Il microscopio, invece, rimase per parecchio tempo in secondo ordine. In questo periodo i microscopi esistenti si presentavano come composti, cioè formati da più lenti sovrapposte, tra i cui spazi veniva inserita dell'acqua.
Nella seconda metà del XVII secolo, lo studioso Robert Hooke scoprì delle strutture elementari nel Tessuto degli esseri viventi che chiamò cellule. Egli scrisse un testo molto importante, la Micrographia, con il quale fece scoprire il mondo infinitesimale, fittamente popolato, mostrando agli scienziati del tempo perfino gli insetti nelle più minuscole caratteristiche.
Altro punto di svolta è rappresentato dalla figura di Anthony van Leeuwenhoek. Egli non era uno scienziato, ma un mercante di stoffe molto curioso ed interessato alla realtà che lo circondava.
Da autodidatta, egli imparò a tagliare le lenti alla perfezione e ottenne delle lenti che riuscirono a produrre degli ingrandimenti di gran lunga maggiori rispetto ai suoi colleghi; se si considera che egli non conosceva il latino, lingua ufficiale nella scrittura, e quindi non poteva consultare testi scientifici tutti scritti in quella lingua, ci si rende conto della genialità. E tutto ciò con una sola lente.
Riuscì così ad osservare gli elementi che componevano il latte, le rocce, i cristalli, ma anche gli insetti e perfino il Sangue ed il liquido seminale. Egli analizzò anche l'acqua di uno stagno e ne scoprì un mondo nuovo, popolato di esserini minuscoli.
La pubblicazione delle sue osservazioni, in cui veniva descritta con accuratezza la vita dei Batteri, ebbe un'enorme risonanza nel mondo scientifico ed aprì la strada all'uso metodico e scientifico del microscopio.
Durante l'Ottocento, verranno ridotte e successivamente eliminate le aberrazioni sferica e cromatica dovute alla curvatura delle lenti grazie all'opera di Lister, un medico inglese, e verranno finalmente osservate e studiate con rigore le cellule, dando così i natali alla branca medica della microbiologia.
Anche il microscopio si evolverà: quello ottico non supera, infatti, il millesimo di metro e cede il passo, prima al microscopio elettronico, ed infine a quello atomico (che permette di vedere addirittura gli atomi).