Alcune persone che hanno concentrazioni di colesterolo sierico basso, sono portatori della ipobetalipoproteinemia eterozigotica familiare, un disordine autosomico dominante in cui sono state descritte mutazioni dell’apolipoproteina B. Vi è poi la assai più rara ipobetalipoproteinemia omozigote e l’abetalipoproteinemia o malattia di Bassen-Kornzweig (ereditata come autosomica recessiva, nella quale i genitori portatori sono completamente asintomatici), che produce una più grave ipocolesterolemia, esse sono associate con la retinite pigmentosa, la steatorrea, la steatosi epatica, gli eritrociti dalla forma anomala (acantociti). Raramente può accadere che questo disordine sia causato da un alterazione di un singolo gene, tale come nella mutazione eterozigote APOA1 o ABCA1. La malattia è causata dal deficit completo di MTP (Microsomal triglyceride Transfer Protein = proteina del trasporto dei trigliceridi microsomiali), che è responsabile della mancata secrezione intestinale e epatica delle lipoproteine contenenti l'apo B nel plasma. Questo spiega la profonda ipocolesterolemia e l'assenza nel plasma di tutte le lipoproteine ricche di apo B. Il difetto di assorbimento dei grassi giustifica il malassorbimento intestinale grave e la deformazione dei globuli rossi, definita acantocitosi. Il difetto di assorbimento delle vitamine liposolubili (A, E, K) condiziona la gravità della malattia, a causa delle complicazioni neurologiche, che comprendono anche la retinite pigmentosa, quando la carenza non è compensata.
La biopsia epatica è in queste forme una utile indagine che può dimostrare un sovraccarico lipidico intracellulare nel fegato, sotto forma di steatosi epatica, che può evolvere verso la cirrosi. Con l'endoscopia si può notare un aspetto “nevoso'' della mucosa duodenale. Contrariamente all'ipobetalipoproteinemia in forma omozigote, l'apolipoproteina B viene prodotta normalmente, ma il difetto di impacchettamento dei lipidi porta alla degradazione delle lipoproteine prima che raggiungano la superficie delle cellule. Il valore lievemente alterato della GammaGT è espressione biochimica della steatosi epatica.