La prognosi è solitamente severa in relazione al fatto che l’epatocarcinoma insorge spesso su un fegato già compromesso da epatite o cirrosi, viene diagnosticato per lo più tardivamente quando è già plurifocale o metastatico. E’ poco suscettibile ad interventi locali risolutivi ed è poco responsivo ai farmaci attualmente a disposizione. La prognosi è infausta, solo il 30 per cento sopravvive a 2 anni di distanza.