Gli effetti indesiderati principali a causa di un altro organo che determina la terapia con IFN sono: danni a carico della tiroide, soprattutto nei soggetti già affetti di una patologia tiroidea, magari nascosta. L’IFN può causare ipotiroidismi e, cosa più preoccupante, tiroiditi. Questo è il mlotivo per cui i tests tiroidei vengono ripetuti ogni tre mesi durante la terapia.